El BCTV se ha convertido en una enfermedad importante que afecta principalmente a los grandes cultivadores de exterior. La enfermedad se propaga mediante chicharritas de la remolacha infectadas que se alimentan de las plantas. Una vez infectadas, las plantas presentan un crecimiento anormal y atrofiado, con pérdidas de rendimiento considerables. La gravedad de los síntomas depende del momento en que se infecte la planta. La enfermedad está muy extendida en las zonas áridas y semiáridas del oeste de Estados Unidos, el Mediterráneo y Oriente Medio. Crear una zona de protección alrededor de los campos para mantener alejadas a las chicharritas es una de las pocas medidas preventivas conocidas.

Los mohos grises y marrones causados por la Botrytis se encuentran entre los patógenos más comunes que infectan las plantas de cannabis y provocan pérdidas importantes. El hongo infecta los cultivos en ambientes húmedos, mojados y cálidos, y causa los mayores daños a temperaturas de entre 65-75°F (18-24°C). Se propaga mediante esporas habituales en el aire. Existen dos especies principales de Botrytis, que se observan con mayor frecuencia en flores en proceso de maduración. Las flores densas y los tejidos vegetales dañados son puntos ideales para la infección, especialmente cuando se combinan con una humedad elevada o un exceso de agua sobre las plantas. El patógeno afecta tanto a cultivadores de interior como de exterior, por lo que elegir la genética adecuada para cada entorno es fundamental. Existen productos biológicos que pueden ayudar de forma preventiva, pero una vez infestadas las flores resulta difícil controlarlo.

El HLVd ha sacudido la industria del cannabis en los últimos años y ha llevado a los cultivadores a buscar genéticas limpias. Se sabe que este viroid de propagación descontrolada provoca reducciones importantes del rendimiento y es imposible de «curar». La infección puede transmitirse con gran facilidad entre plantas mediante herramientas contaminadas e insectos, y provoca un crecimiento atrofiado. Las plantas infectadas suelen acumular una mayor carga viral y mostrar síntomas más graves a lo largo de sucesivas generaciones de propagación, aunque algunas permanecen asintomáticas. Es necesario realizar pruebas con frecuencia para garantizar que las plantas estén libres del viroid, y la mejor medida de control consiste en eliminar las plantas infectadas antes de que entren en las salas de cultivo. Todavía no se sabe con certeza si la enfermedad puede transmitirse mediante semillas de cannabis.

Fácilmente reconocible por el crecimiento de un polvo blanco sobre hojas y flores, el oídio es un patógeno extremadamente común en el cannabis, causado por varias especies diferentes de hongos. Los cultivadores de cannabis de interior y exterior suelen detectar el patógeno durante la floración, cuando se producen las mayores fluctuaciones de temperatura y humedad en los entornos de cultivo. Se propaga mediante esporas fúngicas comunes en el aire que necesitan una humedad elevada para colonizar, y prospera en zonas con temperaturas cálidas, mala circulación y escaso intercambio de aire. La genética también desempeña un papel importante, ya que algunas variedades son mucho más propensas y otras son resistentes. Las medidas preventivas son las más eficaces, pues resulta difícil controlarlo una vez establecido. Muchos cultivadores prefieren utilizar azufre o productos biológicos antes de que aparezca un brote.

Las especies de hongos Pythium y Phytophthora pueden infectar las raíces de las plantas de cannabis y provocar pudrición radicular. Una vez infectadas, las plantas enteras o algunas de sus partes empiezan a marchitarse o muestran signos de desnutrición. La verdadera raíz del problema es el riego excesivo o un suelo con mal drenaje. Las puntas de las raíces presentan un color marrón o rojo en lugar del blanco saludable, y algunas infecciones pueden provocar la pudrición del cuello del tallo. Incluso aplicando medidas correctivas, las plantas rara vez recuperan un estado de salud normal. Estos hongos también son patógenos importantes para plántulas y clones, ya que pueden causar «damping off». Evitar el riego excesivo de plantas y semillas es la principal medida preventiva. Actualmente no hay productos autorizados para tratar estos hongos en el cannabis.

La mancha foliar por Septoria aparece en plantas de cannabis en zonas con temperaturas cálidas y humedad. Esta enfermedad fúngica se propaga mediante esporas que necesitan agua para transmitirse, ya sea por salpicaduras o por lluvia impulsada por el viento. Por lo general, coloniza primero el interior de las plantas en zonas con poca circulación de aire y después avanza hacia el exterior. Una separación generosa entre las plantas y la poda pueden ayudar a prevenir la colonización.