BCTV ist zu einer wichtigen Krankheit geworden, die vor allem größere Outdoor-Grower betrifft. Die Krankheit wird von infizierten Rübenzikaden übertragen, die an Pflanzen saugen. Nach der Infektion zeigen Pflanzen abnormales, verkümmertes Wachstum und deutliche Ertragsverluste. Die Schwere der Symptome hängt davon ab, wann die Pflanze infiziert wird. Die Krankheit ist in ariden und semi-ariden Regionen im Westen der USA, im Mittelmeerraum und im Nahen Osten verbreitet. Ein Pufferbereich um Felder, der Zikaden fernhält, ist eine der wenigen bekannten vorbeugenden Maßnahmen.

Grauer und brauner Schimmel durch Botrytis gehören zu den häufigsten Pathogenen, die Cannabis-Pflanzen befallen und erhebliche Verluste verursachen können. Der Pilz infiziert Kulturen in feuchten, warmen Umgebungen und ist besonders schädlich bei Temperaturen zwischen 65–75 °F / 18–24 °C. Er verbreitet sich über Sporen, die häufig in der Luft vorkommen. Es gibt zwei Hauptarten von Botrytis, die am häufigsten an reifenden Blüten auftreten. Dichte Blüten und verletztes Pflanzengewebe sind ideale Eintrittsstellen, besonders in Kombination mit hoher Luftfeuchtigkeit oder überschüssiger Feuchtigkeit auf den Pflanzen. Der Erreger betrifft Indoor- und Outdoor-Grower; die richtige Genetik für die jeweiligen Bedingungen ist entscheidend. Biologische Präparate können vorbeugend helfen, aber sobald Blüten befallen sind, ist Kontrolle schwierig.

HLVd hat die Cannabis-Branche in den letzten Jahren stark beschäftigt und Grower dazu gebracht, gezielt nach sauberer Genetik zu suchen. Das weit verbreitete Viroid kann deutliche Ertragsverluste verursachen und lässt sich nicht „heilen“. Die Infektion kann sich sehr leicht über kontaminierte Werkzeuge und Insekten zwischen Pflanzen ausbreiten und führt zu verkümmertem Wachstum. Infizierte Pflanzen entwickeln über Generationen der Vermehrung oft höhere Viruslasten und stärkere Symptome, während manche asymptomatisch bleiben. Regelmäßige Tests sind nötig, um viroidfreie Pflanzen sicherzustellen. Die beste Kontrolle besteht darin, infizierte Pflanzen zu entfernen, bevor sie in Grow-Räume gelangen. Es ist weiterhin nicht vollständig bekannt, ob die Krankheit über Cannabis-Samen übertragen werden kann.

PM ist an seinem weißen, pudrigen Wachstum auf Blättern und Blüten leicht zu erkennen und ist ein sehr häufiger Cannabis-Erreger, der durch verschiedene Pilzarten verursacht wird. Indoor- und Outdoor-Grower entdecken ihn meist während der Blüte, wenn Temperaturschwankungen und Luftfeuchtigkeit in der Umgebung besonders relevant werden. Er verbreitet sich über Pilzsporen in der Luft, die hohe Luftfeuchtigkeit benötigen, um zu kolonisieren, und gedeiht besonders in warmen Bereichen mit schlechter Luftzirkulation und wenig Luftaustausch. Genetik spielt ebenfalls eine große Rolle: Manche Sorten sind deutlich anfälliger, andere resistenter. Vorbeugung funktioniert am besten, da etablierter Mehltau schwer zu kontrollieren ist. Viele Grower setzen vor einem Ausbruch auf Schwefel oder biologische Präparate.

Pythium- und Phytophthora-Arten können Cannabis-Wurzeln infizieren und Wurzelfäule verursachen. Nach einer Infektion beginnen ganze Pflanzen oder einzelne Bereiche zu welken oder Mangelerscheinungen zu zeigen. Die eigentliche Ursache ist meist Überwässerung oder schlecht drainierende Erde. Wurzelspitzen erscheinen braun oder rot statt gesund weiß, und einige Infektionen können auch den Wurzelhals am Stamm faulen lassen. Selbst mit Gegenmaßnahmen kehren Pflanzen selten zu normaler Gesundheit zurück. Diese Pilze sind auch wichtige Erreger bei Sämlingen und Klonen, da sie „Damping Off“ verursachen können. Die wichtigste Vorbeugung ist, Pflanzen und Samen nicht zu überwässern. Aktuell gibt es keine für Cannabis zugelassenen Produkte zur Behandlung dieser Pilze.

Septoria-Blattflecken treten bei Cannabis-Pflanzen in Bereichen mit warmen Temperaturen und Feuchtigkeit auf. Die Pilzkrankheit verbreitet sich über Sporen, die Wasser zur Übertragung benötigen — entweder durch Spritzwasser oder windgetriebenen Regen. Meist kolonisiert sie zuerst im Inneren der Pflanzen in Bereichen mit geringer Luftzirkulation und bewegt sich dann nach außen. Großzügiger Pflanzabstand und gezieltes Auslichten können helfen, Kolonisierung zu verhindern.